중앙과 지방자치단체 간 또는 광역과 기초자치단체 간 재정분권 문제는 지방자치제도 시행과 더불어 꾸준히 논의되어 온 과제이다. 지역주민 스스로의 비용부담에 의한 재정자립이 진정한 지방분권을 위한 기본 전제이고, 자율과 책임의 메커니즘을 통한 자원배분의 효율성 제고가 지방자치제도의 기본 취지이기 때문이다. 그러나 우리나라의 경우 지방재정의 대부분을 중앙정부나 상위정부에 의존하고 있고, 지역 간 재정격차의 심화로 인해 지방자치의 근본이 훼손되고 있다는 우려가 제기되고 있다.

1999년 이후 서울시 자치구의 상·하위 20%를 비교한 재정양극화 지수는 세출은 1.67로 비교적 낮은 반면, 세입은 6.77로 상당히 높다. 이러한 격차의 주요 원인은 지방세의 80% 이상을 차지하는 재산세수입의 불균형 때문이다. 재산세수입은 하위 20% 자치구의 비중이 7.8%인 반면, 상위 20%의 비중은 48.4%로 6배 이상 격차가 존재한다. 서울시는 자치구간 재정격차를 완화하기 위해 조정교부금제도, 재산세 공동과세제도 및 시비보조금 등을 운영하고 있으나 자치구 간의 재정불균형을 시정하는 데는 근본적으로 한계가 있다.

독일의 경우 연방과 주정부 간의 수직적 재정조정과 역교부세를 활용한 주정부 간 수평적 조정을 통해 지역 간 갈등을 예방하고 국민들의 연대감을 제고하고 있다. 일본은 동경도를 중심으로 동경도와 특별구, 특별구 상호간 재정조정을 위해 도구재정조정제도를 시행하고 있다. 도구간 재정조정제도의 합리적 운영을 위해 도구재정조정협의회를 설치하여 기준재정 등 핵심 사안을 논의하고 이해 충돌 시에는 최종합의에 도달할 때까지 만장일치제를 운용하는 등 민주적인 의사결정으로 고도의 투명성과 객관성을 확보하고 있다. 우리나라도 지방재정의 중앙정부 의존도가 더욱 심화되고 있는 만큼 앞으로는 지방재정의 재원 확대와 지방세 비중 증가를 위해 좀 더 근본적인 처방을 검토할 필요가 있다.

우선 거시적으로는 국세의 지방이양과 과세자주권 등을 통한 지방재정 확충이 필요하다. 조세 중 지방세의 비율을 현재의 20% 수준에서 중장기적으로 30%까지 목표를 설정하고, 국가의 다양한 통제장치를 해제하여 재정운영의 자율성을 확보한다. 미시적으로는 조정교부금, 재산세공동과세, 시비보조금 등을 통해 재정격차를 완화한다. 특히 2008년부터 실시되는 재산세 공동과세제도는 재정격차를 완화시키는 데 상당한 효과가 기대되는 만큼 지역 간 균등배분이 아닌 인구비례에 따른 배분방식으로 형평성을 제고하도록 개선이 필요하다. 그러나 앞으로 진정한 지방분권을 위해서는 지방재정의 자립도를 제고하는 방향으로 중앙정부의 노력이 선행되어야 하며, 지방정부 스스로 자율과 책임을 통해 자원배분의 효율성을 구축하도록 해야 할 것이다.